Didirikan pada tahun 1996 oleh pengasasnya Prof Madya Dr Musa Fathullah Harun, dengan dibantu oleh jawatankuasa kecil, Madrasah Darul Futuh bermula dengan kelas pengajian hujung minggu. Tujuan pembinaannya adalah sebagai pusat ilmu dah ibadah. Berteraskan akidah Ahli Sunnah Wal Jamaah, dan berpaksikan kepada mazhab Imam As-Syafie sebagai pegangan asas, pelbagai aktiviti dakwah terus di atur demi merealisasikan tujuan penubuhannya. Pada tahun 2017, madrasah ini mengorak langkah ke hadapan dengan membuka kelas tahfiz dengan nama Akademi Tahfiz Darul Futuh.